1941年开始的太平洋战争极大影响了东京的发展。因战争需要，之前实施的东京府与东京市的双重行政被取消。1943年府、市合并，成立了东京都(开始实施都制‐知事采取任命制)。二战末期，东京遭受了包括1945年3月10日东京大空袭在内的共102次空袭，损失了无数的生命和财产。1945年9月2日，日本签署投降协议，战争结束。变为荒野的东京，人口骤减， 1945年10月人口为349万人，仅为1940年的一半。

战后时期，1947年5月，日本国宪法与地方自治法开始实施，民选产生的首任东京都知事安井诚一郎上任。同年8月开始实施23区制。1953年，开始了电视播放，1956年加入联合国，日本逐步走入复兴。

一方面，日本经济因朝鲜战争(1950年)的特需刺激得到振兴，并于1960年代进入经济的高速发展时期。这期间，随着技术革新与新产业、新技术的导入，化纤、电视、冰箱、洗衣机等家电产品开始大规模批量生产，都民生活发生了很大变化。1962年，东京人口首次突破1，000万。1964年，东京成功举办奥运会，并在此之前开通了新干线和首都高速路，为今天的首都繁荣打下了基础。

另一方面，1970年后，由于经济快速发展的负面影响产生了大气污染、河流污染、噪音等公害问题。1973年，受石油危机影响，持续多年的经济快速发展终于划上了句号。